年12月，东北爆发了肺鼠疫，这次疫情共夺取了6万多人的性命，其中哈尔滨一带的疫情尤为严重。
这种病传播特别迅速，致死率特别高，一旦染上就很难存活。
当时的清政府还没有专门的防疫机构，沙俄和日本纷纷以保护侨胞为名，要求让自己独揽防疫工作，他们甚至派兵来要挟清廷。
危急时刻，清廷指派伍连德为全权总医官奔赴哈尔滨开展防疫工作。
伍连德虽然只有31岁，但他精通细菌学、流行病学和公共卫生学。
他通过解剖老鼠和死者的尸体发现，病毒并不需要通过动物为媒介，只要通过人与人之间的飞沫就可以传染。
为了阻断传播途径，伍连德设计了一种成本低廉的口罩，即用两层纱布，中间隔上吸水药棉，虽然简陋了点，但戴上它也可以隔离病毒，后来人们将其称为伍氏口罩。
无论是过去还是现在，隔离一直是阻断病毒传播的重要途径之一。
当时没有足够的设施来隔离病人，伍连德就向铁路公司借用了一些火车车厢作为临时的隔离营。
隔离的病人或发热的疑似病人，如果连续7天体温正常就可以解除隔离。
年1月临近春节，东北有数十万来自山东、直隶的打工人，这段时间他们将要返乡过年。
为了避免疫情流入关内，清廷下令封锁了山海关，南下的过关者必须留验5天才可以放行。
除了部分的货车外，火车也都全部停运。
虽然戴了口罩、消了毒，也阻断了交通，但疫情的传播还是持续不断。
伍连德发现，被土葬的染病死者仍然在传播着病毒，最好的办法就是将死者火化。
但根据习俗，当时的民众难以接受这一做法。
好在伍连德得到了摄政王载沣的支持，死者得以火化。
这一措施果然效果显著，此后死者的数量持续下降。
到了年4月，东北地区就基本消灭了肺鼠疫。
后来经伍连德的研究，发现这次可怕的疫情的病毒来自于草原旱獭，也就是蒙古土拨鼠。
可能是猎人最先被感染，随后逐渐蔓延开来。
伍连德以其丰富的学识，运用现代医学技术，在短短的4个月就取得了东北抗疫的胜利。
伍连德也因此获得了全国以及国际社会的称赞，梁启超曾评价说：“科学输入垂五十年，国中能以学者资格与世界相见者，伍博士一人而已。”
